気候の特性として寒暖の差が大きいことが挙げられる。県内でも特に熊本平野は三方を山で囲まれ、風が弱いため、内陸性の気候を示し、熊本市の日較差が２４度という記録もある。夏の暑さ、冬の寒さともに厳しく、また、黒潮暖流の上を通って天草灘から流れ込む高温多湿の南西気流は、地形の影響で集中的に大雨を降らせる。特に六月末から七月の梅雨期後半の大雨は九州一である。