2000年12月25日 読売より
| 変更年 | 旧 | 新 | 理 由 |
| 1991年 | 玉名農 | 北稜 | 学科改編 |
| 1992年 | 水産 | 苓洋 | 同 |
| 同 | 江津 | 湧心館 | 同 |
| 1993年 | 天草農 | 苓明 | 同 |
| 1994年 | 熊本女子商 | 熊本国府 | 男女共学化 |
| 1995年 | 熊本第一工 | 開新 | 学科改編 |
| 1996年 | 大津産業 | 翔陽 | 学科改編 |
| 同 | 熊本工大 | 文徳 | 中学新設 |
| 1997年 | 熊本女子 | 慶誠 | 学科改編 |
| 同 | 阿蘇農 | 阿蘇清峰 | 学科改編 |
| 1998年 | 球磨農 | 南稜 | 学科改編 |
| 2000年 | 熊本市立商 | 千原台 | 学科改編 |
| 2001年 | 熊本市立 | 必由館 | 学科改編 |
| 同 | 九州女学院 | ルーテル学院 | 男女共学化 |
| 同 | 八代第一 | 秀岳館 | ｲﾒｰｼﾞﾁｪﾝｼﾞ |
| 変更年 | 旧 | 新 | 理 由 |
| 1994年 | 熊本商科 | 熊本学園 | 学科改編 |
| 同 | 熊本女子 | 熊本県立 | 男女共学化 |
| 1997年 | 九州女学院短大 | 九州ルーテル学院 | ４年制へ |
| 2000年 | 熊本工業 | 崇城 | 学科改編 |
| 2001年 | 熊本音楽短大 | 平成音楽大 | ４年制へ |
